Program Pascasarjana didirikan pada tahun 6 November 1996. Program pascasarjana Universitas Kristen Indonesia memiliki 6 prodi Magister dan 2 prodi Doktor yaitu: Magister Administrasi dan Manajemen Pendidikan, Magister Ilmu Hukum, Magister Pendidikan Agama Kristen, Magister Manajemen, Magister Teknik Elektro, Magister Arsitektur, Doktor Pendidikan Agama Kristen dan Doktor Hukum.

Program Pascasarjana sebagai salah satu organ kekuatan UKI, di masa akan datang berharap dapat menjadi barometer pengembangan akademik yang berkualitas. Selanjutnya, Program Pascasarjana juga dapat berperan penting sebagai inisiator dan exemplary center bagi pengembangan lmu-ilmu yang bercirikan nilai-nilai Kristiani melalui penyelenggaraan pendidikan dan pengajaran, penelitian, serta pengabdian kpada masyarakat, sehingga dapat menjadi penggerak (energizer) bagi kemajuan bangsa dan Negara Indonesia.